تهدف شعبةالمياه العذبة والبحيرات إلى دراسة الخصائص الفيزيائية والكيميائية والبيولوجية والميكروبيولوجية والجيولوجية لنهر النيل والبحيرات في مصر. يمكن استخدام القيم أو التركيزات المنسوبة إلى مثل هذه المعلومات لوصف حالة تلوث البيئات المائية ، أو حالتها الحيوية أو للتنبؤ باحتمالية وجود كائنات معينة أو عدم وجودها. تعد مراقبة معايير الجودة البيئية نشاطًا رئيسيًا في إدارة البيئة واستعادة البيئات الملوثة وتوقع آثار التغييرات التي من صنع الإنسان على البيئة.
