يضم قسم البيئة البحرية تسعة أقسام تساهم في العديد من المجالات والتخصصات المختلفة يمكن أن تقدم خدمة للمجتمع والمستثمرين ويمكن أن نلخص دور القسم في الأنشطة التالية: حماية البيئة البحرية والمحافظة عليها ، الدراسة البيئية لعلم الأحياء البحرية وعلاقتها رصد جميع أنواع الانبعاثات التي تؤثر على البيئة المائية سواء كانت صلبة أو سائلة أو غازية من مخلفات برية شاملة وسفن ومنشآت عائمة تتنقل بين الموانئ المصرية المختلفة وكذلك عبر المياه الإقليمية والاقتصادية المجاورة. منطقة. استخدام الطرق الفيزيائية لاستكشاف مناطق صيد جديدة وتقدير المخزون السمكي – استكشاف أنسب المناطق المناسبة للاستزراع البحري في المناطق القريبة من الشاطئ وتصميم مناطق الأقفاص وفقًا للظروف الهيدروليكية في مواقع مختلفة واقتراح أكثرها الطرق المناسبة للتثبيت والحماية. اختيار أنسب المواد اللازمة في مجالات استغلال وحماية الاستزراع المائي الملوث وكذلك دراسة تأثير التغذية في هذه الأقفاص على البيئة المحيطة.
